肛门深处胀痛可能是肛窦炎引起的，可以服用盐酸左氧氟沙星胶囊，甲硝唑片等，还可以应用高锰酸钾温水坐浴或者复方荆芥熏洗剂熏洗也可缓解症状，也可能是肛裂引起的，可以使用马应龙痔疮膏、红霉素软膏等药物治疗。
还可能是痔疮引起的，可以使用云南白药痔疮膏、肛泰痔疮膏等药物治疗，需注意对药物过敏者禁用，建议患者去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，以免耽误病情，错过最佳治疗时机。