儿童黄水疮可根据孩子的病情选择外用和口服药物进行治疗。可以局部外涂硫磺软膏等进行治疗。若已经结痂，先要用药水洗去脓痂，再将冰硼散撒于患处。
本病应隔离治疗，患儿的衣服、床单、毛巾及玩具等都要进行消毒处理。口服药物可以使用抗菌消炎药物。如果是普通细菌可以使用头孢拉定、阿莫西林克拉维酸钾等抗生素；
如果是真菌感染可以外用酮康唑、克霉唑等。黄水疮学名叫传染性脓疱病，是常见的浅表皮肤感染性疾病，具有一定的传染性，应进行隔离治疗，以免出现交叉感染，用药谨遵医嘱。