治疗肛周疣可用三氯醋酸或鸦胆子捣烂敷在患处，去除肛周疣。面积小的肛周疣可以涂氟尿嘧啶软膏治疗或是采用中药进行熏蒸和坐浴；
也可以在疣的中央注射争光霉素治疗。肛周疣是人乳头瘤病毒感染导致的，有不洁的性接触或者不注意肛周的卫生都容易出现肛周疣，可用液氮冷冻、电灼等物理方式治疗。
建议及时到医院进行相关检查，在专科医生指导下进行治疗，以免耽误病情，错过最佳治疗时机。