治疗手腱鞘囊肿有非手术疗法，通过挤压使腱鞘囊肿破裂，逐渐自行吸收。还有注射器抽出法，通过注射器穿刺方法抽出囊液，然后加压按揉或将囊液抽出后注入肾上腺皮质激素或透明质酸酶，局部加压包扎2天。
对于囊肿比较大或者出现疼痛时，可手术切除腱鞘囊肿。切除方法主要有两种，一是常规手术切除，一是关节镜镜下切除。建议患者根据自身的病情和身体状态，听从专业医生的意见进行规范的诊治。