导致指甲有凹陷的原因，可能是因为缺乏微量元素、灰指甲、银屑病等。
1.缺乏微量元素：如果指甲的表面是光滑的，只有中央出现了单纯凹陷的情况，一般为匙状甲。这种与微量元素缺乏有一定的关系，可以到医院进行详细的微量元素检测。
2.灰指甲：如果指甲发生凹陷的位置有脱屑、变色等情况，需要考虑是否是灰指甲引起。灰指甲跟真菌感染有关，确诊后需要进行系统化的抗真菌治疗。
3.银屑病：这种疾病会对指甲造成较为严重的破坏，比如指甲可能会出现点状凹陷的情况，或者指甲上有横沟、纵嵴，且指甲比较浑浊等。出现指甲有凹陷的情况需尽快前往医院就诊检查，明确病因，针对性治疗。