巴雷特食管可以用胶体果胶、西咪替丁、法莫替丁、奥美拉唑等药物治疗，反流者可以使用多潘立酮和莫沙必利口服。此外也可以采用内镜治疗，主要是激光巴雷特食管切除术、光动力学治疗、光凝法等，可以逆转巴雷特食管的化生上皮，但能否降低发病率还没有得到进一步评价。
如果出现明显狭窄，可行扩张治疗。手术适应证是中度以上的发育不良症，无法治疗的食管溃疡出血、严重逆流症状、内科治疗无效，食管狭窄症治疗无效。
具体治疗方法请遵医嘱。