结肠溃疡需根据病变部位和疾病的严重程度采用不同的治疗方法。如果病情较轻，病变局限于直的、乙状结肠，可采用局部氨基水杨酸灌肠或口服联合灌肠。
病情严重者可能需要口服或静脉注射激素和免疫抑制剂治疗，也可联合灌肠治疗。中重度患者可以选择静脉注射生物制剂。结肠溃疡没有特效药。
经典药物主要是氨基水杨酸制剂如美沙拉秦。对氨基水杨酸制剂无反应患者可用糖皮质激素或免疫制剂治疗。出现不适请及时就医，用药谨遵医嘱。