打第三针要根据疫苗的类型来决定可不可以做核酸。如HPV疫苗可以做核酸，新型冠状病毒疫苗，等则建议间隔24小时再进行核酸检测，以免出现假阳性结果。
1.HPV疫苗：是预防宫颈癌的一种疫苗，大部分宫颈癌的发病都与HPV感染有关。通过接种HPV疫苗，降低感染率，预防宫颈癌。这种疫苗打第三针对于核酸检测的结果以及检测标本的采集没有影响。
2.新型冠状病毒疫苗：是经过灭活处理得到的疫苗，其中含有新冠病毒的核酸序列，抽取疫苗过程中疫苗可能会以液体或者气溶胶等方式飘浮在空气中，从而污染接种环境、接种者等，检测时可能会出现假阳性的情况。一般24小时后，病原体核酸片段随着鼻咽部分泌物排出体外，假阳性出现的几率降低，建议此时再进行核酸检测。 除灭活疫苗外，其他类型的疫苗打三针后都可以进行核酸检测。详细的接种情况，可以咨询当地接种部门的相关有医生。