奥利司他胶囊副作用主要是胃肠道不良反应，常表现为腹泻、水样便或者脂肪便、腹痛、恶心、呕吐等胃肠道症状。比较少见导致其他系统的感染，比如上下呼吸道感染、泌尿系感染等，或者头痛、月经失调、焦虑、疲劳等。
药物有排脂作用，会有一些患者出现维生素缺乏，特别是有可能导致脂溶性维生素缺乏。患慢性吸收不良综合征或胆汁郁积症及对奥利司他或药物制剂中任何一种其他成分过敏的患者禁用，此药必须在专业医师指导下服用。