花椒籽具有降血脂、软化血管、健脑和通络活血等功效。花椒籽还有有温中散寒、驱寒止痛的作用，如果是由于胃寒造成的胃痛以及腹中冷痛，适量应用花椒籽有利于缓解不适症状。
需注意花椒籽不能吃太多，否则有可能会诱发皮肤瘙痒。阴虚火旺者忌服花椒籽；孕妇慎服花椒籽。老年人可以适当的吃一些花椒籽，但是不宜吃太多。