金匮肾气丸可以单独用药，也可根据患者病情结合其他药物进行治疗如甘麦大枣汤、酸枣仁汤、艾附暖宫丸等。金匮肾气丸有行气化水、温补肾阳的功效，可治疗肾阳虚证，临床上可根据患者病情灵活用药。
若患者有怕冷、四肢冰凉等肾阳虚症状外还有失眠多梦、情绪烦乱等阴阳失调症状，可配合甘麦大枣汤、酸枣仁汤等进行治疗；
如果肾阳虚的女性出现月经延迟、痛经等症状时，可酌情配伍艾附暖宫丸加减治疗。具体用药谨遵医嘱，不可自行增减药物。