引起甲状腺球蛋白抗体高的原因不同，采取的治疗方式也不同。由甲状腺功能亢进引起的甲状腺球蛋白抗体高，使用抗甲状腺药物如硫脲嘧啶类进行治疗，还可进行放射性碘131治疗，此法安全有效，治愈率达到85%以上，复发率低。
如果是自身免疫性甲状腺炎引起的，可服用甲状腺素、β受体阻滞剂、泼尼松等药物。若合并甲亢，应用抗甲状腺药物如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶治疗。
若病情严重可进行甲状腺全切除术治疗。具体用药谨遵医嘱。