非典的后遗症有：心率紊乱或心功能不全、肾功能损害、DIC、败血症、肝功能损害、消化道出血以及引起休克。还可能出现运动系统上疾病或局灶性以及激化性肺炎，间质性肺炎，弥漫性间质性的纤维化等病情。
在治疗期间，所使用大量的糖皮质激素类的药物有可能造成股骨头出现坏死等症状。如果出现非典型的后遗症，需及时地到医院进行检查，并且需及早的来治疗。