肛周脓肿一般不癌变。有些恶性肿瘤的表现类似于肛周脓肿，如横纹肌肉瘤，或其他肉瘤，粘液腺癌等，临床表现都是肿块，疼痛，却不是由肛周脓肿转变而来，这种肿瘤，极易与肛周脓肿混淆，易被误诊。
可通过专科医生检查或借助辅助检查来区分，如B超可看出包块里是脓液还是丰富血流信号等。若分辨不清，还可做组织活检，最后确诊。
要注意并不是所有的肛门周围的肿胀、疼痛都是肛周脓肿，注意区分肛周脓肿和恶性肿瘤，避免误诊，延误病情。肛周脓肿是急性的肛周感染，它在后期变成慢性疾病时会形成肛瘘。
肛周脓肿是非常短期的一个状态，一个月之内属于肛周脓肿，两个月、三个月可能会形成肛瘘，变成一个管道。一旦形成肛瘘，不能及时进行治疗，久而久之是有癌变的可能。
所以如果有肛周脓肿，建议及早到医院肛肠科及早手术治疗。