甲状腺炎治疗要针对甲状腺功能不同状态、不同阶段，采取不同的治疗方法。针对甲状腺自身免疫，没有特异性治疗。甲状腺功能升高，表现为甲亢，也可表现为甲减，还可表现为甲状腺功能正常。
甲状腺功能正常阶段，一般不需要治疗。临床较常见的是甲状腺功能减退阶段，往往给予补充甲状腺激素治疗，使甲状腺功能控制正常。
治疗主要针对甲状腺功能减退，补充甲状腺激素治疗后，使甲状腺控制到正常水平。甲状腺功能亢进阶段，短暂甲亢阶段，一般不需要抗甲状腺药物治疗，治疗后很容易出现甲减，治疗上可以给予贝塔受体阻滞剂。