亚甲减是否需要长期服药，需要根据患者的高危因素而定。如果亚甲减患者有心脑血管疾病，同时伴有血脂代谢异常，且促甲状腺素大于十毫摩尔每升以上，需要给予左甲状腺素片的替代治疗，使触甲状腺素控制在达标的范围之内。
若亚甲减患者伴有甲状腺结节，同时有甲状腺肿瘤的家族史，多数需要长期口服左甲状腺素片替代治疗，以控制促甲状腺素在达标的范围之内，减少对结节的刺激，防止癌变。