甲状腺囊肿钙化通常是不会自愈的。甲状腺囊肿钙化后，如果不通过积极有效的治疗，是不能自愈的。因此一旦查出甲状腺囊肿钙化后，需要及时进行治疗，以免其病症时间长了有癌变的可能，其最好的治疗办法就是通过手术治疗，将其钙化的囊肿进行切除 ，达到根治性的治疗，使其囊肿不再对甲状腺功能造成影响。
建议甲状腺患者尽量少食含碘多的食物，像海带、紫菜等。如果出现身体的不适应及时去医院就诊，在医生的指导下规范治疗。