附子理中丸的副作用主要来源于附子。附子含乌头碱、次乌头碱等成分，具有毒性，可兴奋交感神经，抑制各种神经末梢及中枢神经系统。
患者会表现出口唇、舌及四肢麻木、流涎、心悸、视物模糊、心律失常等。如果长期或超量服用，可使体内乌头碱含量蓄积达到中毒剂量水平。
特别是老年体弱、排泄功能不全者，长时间服用出现副作用的几率会增加。请遵医嘱用药，出现不适及时就医治疗。