全飞秒激光手术的缺点有很多，具体详情如下。其实全部激光近视手术都是存有的缺点的，比如手术后会有干眼症，眼睛度数返回，术后感染，角膜瘢痕，继发性青光眼，继发性圆锥角膜，炫光状况等。
另外飞秒激光的光波长会造成钻削精密度不够，偏差会在5μm上下，而激光近视手术的钻削精密度为0.2μm。当做全飞秒激光手术时，建议患者去正规医院，在医生的指导下进行治疗。