宝宝发烧三天39度考虑是病毒或细菌感染所致，如果宝宝的情况较好，可以先给宝宝做一些物理降温的措施，如松散衣物多喝水，额头贴退烧贴，用温水擦拭宝宝的颈部，腋窝及腹股沟等部位。
如果宝宝还是持续高烧，建议先自服退烧药以防持续高烧引起小儿惊厥等，然后尽快去医院就诊治疗，根据血常规、胸片、C-反应蛋白等检查，确定导致高热的病因，然后针对性治疗。