在服用幽门螺旋杆菌的药物后可能会出现胃肠道不适，胃痛、呕吐、恶心、嗳气等胃肠道不良反应。还可能会引起病人有腹胀、腹部隐痛或大便性状的改变。
也可能会引起舌苔颜色加深，像这种情况停用这一类的药物后可能会恢复正常。建议日常要保持良好的心情，避免不良情绪，以免病情的加重，此外尽量选择分餐制，以免传染给他人。