夜里睡着反酸水呛醒可能是由于夜间睡眠状态时副交感神经兴奋，食管下段括约肌松弛、压力降低，卧位时分泌的胃酸容易通过食管下括约肌反流，进入食管，从而导致夜间出现胃酸反流的现象，可通过服用奥美拉唑、雷贝拉唑等质子泵抑制剂抑制胃酸的分泌，来缓解此症状。
还可能是由于十二指肠炎、十二指肠溃疡引起胃酸分泌过多，夜间易发生反流，刺激咽喉部而出现呛咳，可使用碳酸铝镁、多潘立酮片促肠蠕动的药物进行治疗。
建议当出现不适时，应及时就医，并遵医嘱使用药物进行治疗。