腋下长出扁平疣可以通过物理疗法进行治疗，一般都是选择激光、冷冻或者是电灼等方式，也可以考虑采用光动力疗法。扁平疣也可以使用药物治疗，通常都是外用维a酸类的药膏，也可以选择抗病毒的药膏，必要时可在医生的指导下外涂及口服抗病毒药物，比如局部涂抹喷昔洛韦乳膏，口服盐酸伐昔洛韦进行治疗。
由于腋下出汗比较多，一旦出现皮肤破损的情况，很容易激发感染。所以在祛除掉扁平疣以后，需要在患处应用抗生素类的药膏，以防发生感染。
平时注意穿舒适透气性好的衣物，避免剧烈运动。