幽门螺旋杆菌阳性不会自愈。幽门螺旋杆菌是生存力非常顽强的细菌，大多定植在胃黏膜和口腔，其能够耐受高酸环境，清除幽门螺旋杆菌需要四联疗法，如奥美拉唑、阿莫西林、克拉霉素、枸橼酸铋钾等，而且用药需要充足的疗程，还要定期复查幽门螺杆菌是否转阴。
如果感染幽门螺旋杆菌，最好及时用药清除，其自愈可能性比较小。