扁平疣冷冻有相当一部分是能根除的。特别是对于扁平疣面积并不太大，而且疣体相对较大，使用冷冻的办法还是比较恰当的，而且效果也是比较明显的。
并不是所有扁平疣患者都适合冷冻治疗，特别是扁平疣分布范围较广而且发生传染概率比较高，冷冻效果非常有限，可能在一定部位冷冻治愈以后，可能在其他部位又发生新的扁平疣皮损，所以，形成此起彼伏的症状。
扁平疣以局部治疗为主，可以外用3％酞丁胺、0.1％维A酸软膏、5％氟尿嘧啶、鬼臼毒素液点涂疣体。点药前先轻刮疣体，疗效较好。
氟尿嘧啶容易引起色素沉着，面部慎用。0.5％～1％鬼臼毒素液也可点涂，但由于有腐蚀刺激性，勿用于面部。可口服异维A酸胶囊进行全身治疗。
扁平疣应避免相互接触，预防直接传染，勿搔抓摩擦，以免自身接种感染。定期煮沸毛巾、枕巾及清洗、日晒日用品，阻断间接传染途径。