五子衍宗丸的副作用很小，且反应轻微，最常见的副作用是腹泻、腹痛、恶心、呕吐等胃肠道反应，尤其是空腹状态下服药，还有极少数患者可能会出现皮疹，发热等过敏反应。
五子衍宗丸具有补肾益精的功效，主要用于治疗肾虚精亏引起的阳痿不育、遗精早泄、腰痛、尿后余沥等不适症状。服药时要忌食辛辣食物，孕妇慎服，该药物不宜和感冒类药同时服用，该药物适合饭前服用或进食同时服，如果连续服药四周症状无缓解或者症状加重，应去医院就诊。