冠状沟处尖锐湿疣要根据疣体的大小来选择不同的治疗方法，可以通过外涂药物或微波治疗等方法。
1.外涂药物或者在疣体基底部进行注射的方法，使疣体坏死脱落。常用的外涂药物比如鬼臼毒素酊、咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏；常用的在疣体基底部进行注射的是干扰素。
2.微波治疗可以疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复比较慢，容易继发感染，一般针对疣体较大的孤立的、散在的疣体来治疗。 需要注意的是治疗冠状沟尖锐湿疣不建议用药物，因为药物可能会顺着沟流入其他部位，会给治疗带来很大的麻烦，建议患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。