患儿大便酸臭味，最常见于消化不良所致，也可能是肠胃炎导致的。如果患儿吃得过杂、过多，尤其是蛋白质以及糖类食物，在肠道内停留的时间过长消化不彻底，会导致发酵，出现大便酸臭味，这种情况下要注意患儿饮食，少食多餐，尽量吃好消化的食物。
一般药物治疗可遵医嘱给予调节肠道菌群失调和肠功能紊乱的肠道益生菌类药物，还有健胃消食的药物等。如果有急性胃肠炎，如轮状病毒肠炎、性肠炎或者痢疾等，食物在肠道内细菌的作用下，发酵后出现酸臭味，此时要积极治疗肠道的感染。
如果症状严重，建议及时去医院就诊，明确病因后，在医生的指导下规范治疗。