补中益气丸有副作用，若患者有感冒，发热等外感表证，服用补中益气丸会加重症状，不利于外感表证的治疗；若患者有口干，舌红，少津，苔少等阴虚的表现，服用补中益气丸会加重症状；
孕妇服用会导致流产；高血压者服用会引发多重并发症；老年人如果过量服用会造成休克。服用补中益气丸期间，不可以吃辛辣刺激或者热量很高的食物，会影响药效。
补中益气丸在服用时应该在医生指导下服用。