黄连素主要是用来治疗急性和慢性的肠炎，药效比较强有轻微毒性，如果长期服用，会刺激到肠胃，使身体的消化能力下降也会阻碍身体吸收营养，长期服用会导致身体消瘦，还会出现胃痛胃酸的症状。
黄连素有降血糖的作用，如果长期服用，会破坏身体对于维生素和脂肪酸的吸收，导致一些疾病的出现。如果用药一段时间后症状无缓解，必须及时就医换药。