大拇指指甲根部的肉的部分按压时疼痛可能是由于以下几种因素引起：
1、腱鞘炎：狭窄性腱鞘炎也会引起大拇指根部疼痛、活动受限，甚至会出现关节卡压的临床症状。按压会有疼痛症状加重，经过休息或手术治疗，能够使临床症状得到明显改善。
2、外伤：当手指有外伤时，在剧烈运动过程中可以出现大拇指根部关节扭伤，关节会有剧烈的疼痛、肿胀、活动受限的症状。 建议患者出现此症状时，应及时就医，查明病因，对症治疗。