胃镜和肠镜比较，胃镜比较痛苦。胃镜检查需经过咽喉部，会有恶心、呕吐甚至喘不过气的感觉。而肠镜检查可能出现腹痛、腹胀、排便感，在肠道拐弯处甚至可能出现疼痛加重，一般不严重。
如果都采取无痛胃镜或者无痛肠镜的方式检查，就不会出现痛苦，而且操作的时间也较短，损伤性较小。两种检查方式带来的不适感是不同的，建议患者可以选择无痛的胃镜或肠镜。