别嘌呤醇副作用皮疹(常为斑丘疹、皮肤瘙痒或荨麻疹等较常见，发生率3—9%。重症还可能发生其他过敏性反应，如剥脱性和紫癜性病变、多形性红斑等。
一旦出现皮肤病变，应即停药。腹泻、恶心、呕吐、胃痛或阵发性腹痛等，发生率1—3%。重症或持续存在时应作适当的对症处理。
手脚麻木感、刺痛或疼痛、乏力等末梢神经炎症状，以及粒细胞缺乏症、贫血、血小板减少、全血细胞减少、骨髓抑制等极少见发生率1%。