根尖囊肿不会自己消失。根尖囊肿是由于慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮残余增生，增生的上皮团发生液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成的囊肿。
治疗根尖囊肿首先可选用氯己定、过氧化氢容易进行局部抗炎治疗；伴随疼痛者可选用布洛芬、对乙酰氨基酚等止疼治疗，在感染控制后进行根管治疗，恢复正常功能。
若出现严重感染，可口服甲硝唑、替硝唑进行抗感染治疗。若无法恢复咀嚼功能，可选择拔除换牙。建议出现根尖囊肿时，要及时治疗根据病因程度，选择合适的治疗方式。