牙髓清干净后牙齿还会痛，可能是因为有部分残留的牙髓留在牙根部位，牙根有神经残留，受到刺激以后产生疼痛。牙神经位于牙髓质内，如果出现了牙髓炎症，通常会进行根管治疗，清除牙髓质炎症，之前会先清除牙髓质里面的牙神经，以免引起疼痛，若神经清理不干净就会在受到刺激后疼痛。
所以，建议牙髓都清干净后疼痛依旧不缓解的患者及时就医，由专业医师进行诊断治疗。