慢性肛窦炎容易复发，通常是通过药物和手术进行治疗。肛窦炎主要的病因是感染，这些感染可以被治愈，但平时若不注意卫生还是会再度感染复发。
1.药物治疗：如果有持续、剧烈的疼痛，可选择合适的镇痛药，如氨酚羟考酮等止疼治疗，还可使用有消肿镇痛功能的外用药物，如痔疮栓等。
2.手术治疗：如果肛窦炎的感染加重，或已形成隐形瘘管等，可选择手术治疗。常用的手术方式有肛隐窝切开引流术、肛乳头切除术等。术后根据医生建议恢复排便，使用高锰酸钾溶液等坐浴，防止粪便污染伤口造成感染。 患者日常不要吃辛辣刺激、质地粗糙的食物，防止刺激肛窦，也要养成良好的卫生习惯，建议有慢性肛窦炎的患者及时就医，在医生的指导下进行治疗。