吴茱萸具有散寒止痛、降逆止呕、助阳止泻的功效。可以用来治疗高血压、消化不良、皮肤病。对于难治性的湿疹、神经性皮炎，具有很好的止痒、祛湿效果，另外还可以治疗黄水疮、口腔溃疡。
吴茱萸对于女性痛经也有很好的缓解作用。吴茱萸还可以和其他药物相配合，治疗厥阴经的头痛，效果很好。需注意，吴茱萸对于阴虚有热者忌用，孕妇慎用。
而且吴茱萸辛热燥烈，容易耗气动火，所以不适合多用、长时间服用。建议在使用时要在医生指导下使用。