48小时核酸阴性证明有效期界定有两种，具体如下：
1、报告生成时：从当事人的核酸检测结果报告生成时算起，之后的48小时之内核酸阴性证明有效，过了48小时此证明无效，需要重新检测。
2、取样时：从核酸检测取样时算起，核酸检测阴性证明48小时内有效。由于每个地方的疫情严重程度不同，各地政策不同，界定方式也有差异，以当地政策为准。