甲减停药有可能会出现很大的问题，比如对于女性而言，还可能影响月经，严重的可引发闭经，对于备孕期女性，有可能出现不孕，或者怀孕以后出现胎儿停止发育或者流产，而在怀孕以后也有可能出现影响胎儿智力发育的情况，甚至发生呆小症。
另外，由于甲状腺功能减退会导致多系统的损害，常见的症状包括怕冷、体重增加、便秘以及心率慢等。若影响循环系统，有可能出现甲减导致的心衰或心功能不全。
若影响消化系统，有可能出现消化不良，腹胀或影响吸收导致的贫血。因此不建议停药，以防导致甲减的进一步加重。