幽门螺杆菌无法自愈，需要患者进过药物治疗后才可痊愈，治疗幽门螺杆菌通常采用口服药物四联药物抗幽门螺杆菌治疗。四种药物包括有一种质子泵抑制剂，奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑。
两种抗生素包括阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、红霉素、喹诺酮类抗生素，选其中两种抗生素，同时加一种铋剂，枸橼酸铋钾或者胶体果胶铋，也就是四种药物来联合起来杀灭幽门螺杆菌。
治疗疗程是14天左右，用药治疗一个疗程之后，可以停药一个月来再次通过呼气试验，判断幽门螺杆菌是否完全被清除。建议患有幽门螺杆菌的患者，及时就医，以免延误治疗。