首先甲状腺功能减退症治疗需要借助甲状腺制剂终身替代治疗，就是甲状腺制剂的终身替代治疗，早期的轻型病例以口服甲状腺素片或左旋甲状腺素为主。
其次，需要进行对症治疗，对症治疗给氧、输液、控制感染、控制心力衰竭等。再者，需要针对其他疾病药物治疗，对于甲亢的病人，要注意防止过度治疗造成甲减。
最后，还需要积极治疗原发病，通过检测甲状腺功能的指标变化，来维持TSH、TT4在正常值范围内。