灰指甲的治疗方法可口服药物、外用药物或手术拔甲。灰指甲为皮肤癣菌病中最顽固难治的一种。手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，治疗灰指甲需要有耐心。
具体治疗方案又分为三种，手术拔甲、内服药物和外用疗法，往往需要三种方法联合治疗。外用疗法适合病情较轻，感染较少的患者，常用的外用药有阿莫罗芬、碘酊、冰醋酸等。
内服药物适合感染较多，病情较重的患者，口服氟康唑胶囊、伊曲康唑等，用药谨遵医嘱。手术拔甲适合于部分年老体弱或指甲变形比较严重的患者，但心脏病、高血压、糖尿病等患者，不宜手术治疗。