甲状腺功能低下是由于甲状腺生理效应不足所致机体代谢降低，或甲状腺激素合成及分泌减少导致。药物治疗主要是甲状腺激素替代治疗，根据病情和不同的病人，选择合适的剂量治疗就可以。
按原发性甲减最多见，病变来自甲状腺本身，有一部分是由于碘缺乏引起的，但是大部分原因并不明确，属于自身免疫问题。继发性既可能来自于脑垂体，也可能来自于其他疾病继发。
还有一些糖尿病患者、肾病患者也会出现继发性甲减。