菊苣根的副作用是孕妇使用后可能会出现流产的现象，另外哺乳期女性在使用后可能会出现疲劳嗜睡、食欲不振等不良反应。菊苣根具有润肠通便、消肿利尿、养肝明目的作用。
服用后可能会出现排尿频繁的现象，所以患有排尿频繁或者前列腺患者谨慎使用。此外菊苣根可能会对胆汁产生刺激，部分患者服用后会出现腹胀和腹痛的症状。
建议应遵医嘱使用菊苣根，切勿盲目使用，以免出现不良后果发生。