肠镜是一种有创的的肠道检查，所以很可能会对体内肠道黏膜造成一定损伤，甚至引起肠道发炎，如果做肠镜的风险要大于益处，则建议尽量不要做。
肠镜检查比较适合原因不明的下消化道出血、原因不明的腹泻、钡灌肠有病变者等这类疾病患者，如果患者严重心肺功能不全、急性腹膜炎、结肠穿孔等，则一定要避免进行场景检查，以免出现不良后果。