单纯的肠镜是没有什么危害和副作用的，但肠镜是一种有创的肠道检查，所以很可能会对体内肠道黏膜造成一定损伤，甚至引起肠道发炎，另外如果在进行无痛肠镜出现了麻醉意外，还可能会导致肠穿孔、消化道出血、便血、反复腹胀腹痛、感染等情况发生。
如果患者严重心肺功能不全、急性腹膜炎、结肠穿孔等疾病，一定避免肠镜，建议去正规医院，由专业医生的操作下进行。