甲硝唑是常用的抗生素，主要作用是治疗和预防厌氧菌引起的系统和局部感染。甲硝唑对厌氧菌杀灭作用很强，可用于治疗腹腔、消化道、女性生殖系、下呼吸道的厌氧菌感染；
对于败血症、脑膜感染及使用抗生素引起的结肠炎有一定效果。口腔科也常用甲硝唑治疗口腔的厌氧菌感染；甲硝唑对厌氧菌和毛囊虫有一定杀灭作用，因此对玫瑰痤疮有很好的治疗效果。
甲硝唑作为外用药，禁忌是孕妇和哺乳期妇女禁用。