胃萎缩患者的治疗药物分为对因及对症治疗药物。对因治疗药物主要为抗幽门螺杆菌感染的药物，目前临床多用抗生素、质子泵抑制剂和铋剂。
对症治疗药物多针对腹痛、腹胀、反酸、胆汁反流等症状，常用药物包括胃黏膜保护剂、促胃肠动力药、抑制胃酸分泌药等。患者平时可以吃一些清淡和易消化的食物如小米粥、山药粥和玉米粥等。