肛周脓肿手术分为两大类，一类是采用一次性根治手术的方法，彻底清除感染的源头和感染的腔隙，等待愈合。愈合的时间因人而异，病情轻重不等，大概是4—6周的时间，也可能因为病情重还要更长时间。
另外一种是采用两段式的手术方式，先把脓肿切开，排出脓液之后等待大概3—6个月的时间，让脓腔大部分愈合，最后形成一个瘘管，然后3—6月之后再采取一次手术切除肛瘘，第二次手术的时候大概愈合的时间是4—6周左右。
总结来说，对于普通的肛周脓肿的手术愈合时间基本上是一个月左右。对于特殊类型的肛周脓肿，需要针对病因进行对症治疗，然后再行手术治疗，具体愈合时间要结合实际情况来判定。